안녕하세요! RNA-seq + de nove assembly 처음시작하게되서 여러군데에서 알아보고 스펙 몇가지를 보냈더니
TYAN 사에서 보내주셨습니다. 그런데 다들 HP나 DELL 쓰시는것 같아서 구매해도 괜찮을까 싶기도 하고 아래같은 사양이면 충분히 제가 원하는 드노브 작업도 가능할지 궁금해서 게시판에 올리게되었습니다.
조언 해주시면 감사하겠습니다.
E5-XEON 2U Rackmount Server
TYAN S7070GM2NR Server Board 1
Intel XEON E5-2683v4 2.1GHz 16Core : 32 Cores 64 Threads
32G DDR4-19200 REG ECC : 512G
8TB MG06ACA800E Enterprise HDD : 72TB (R5 + HS1)
참고로 식물(나무)이고 어셈블리는 trinity 사용할 예정입니다.
dd
그게 아니면 소프트웨어든 하드웨어든 문제가 생겼을 때 가장 잘 지원해줄 곳을 고르는 것이죠.
현재 팔리는 최신 시스템은 스케일러블 2세대 입니다..
저도 스펙이 이상하다 생각했네요
Cpu 세대가 2세대나 지난간 모델을 견적 주었다는것은
반듯이 그 머신을 써야만 지원되는 하드웨어가 있어서 일까도 생각해보았네요
다른 벤더는 단종되도 최소 3년이상 된 제품을 견적 주었다는것이
뭔가 사연있는 제품이 아닐까 생각해 봅니다
될 수 있으면 사용하시던 분의 조언을 받으시기 바랍니다
dell이라 hp를 많이 쓰면 그런 것으로 하시는 것이 좋습니다
새로운 시스템을 정했다가 문제 생기면 어디에 문의하나요
본인이 독박쓸 수 있습니다
결국은 어떤 프로그램을 쓸것이냐, 또한 모델 생물 종의 유전체 크기가 얼마나 큰가가 관건입니다. 초파리급으로 가정했을때 발현량 보는건 Kallisto에
어셈블리는 Trinity나 SPAdes 정도 쓴다고 하면, 옥타코어급에 램 128GB로도 다 됩니다. E5 제온 듀얼에 램 256GB, 하드 4TB 정도만 되면 웬만한건
다 해볼 수 있을 거예요. 하지만 식물이 모델이고 genome guided assembly도 한다면 얘기가 달라질 수도 있겠군요.
제가 현재 전사체 분석용으로 쓰는 컴 중에서 제일 느린 넘은 2690v3 + 128GB + 3TB 인데, 이걸로도 초파리급 데이타는 그럭저럭 다 하고 있습니다.
사실 다운스트림 DEG 분석 정도는 그냥 보통 데스크탑으로도 다 되요.
예전엔 X58 보드에 i7 920, 램 48GB 가지고도 전사체 어셈블리 다 했었습니다. 시간이 며칠씩 걸리는게 문제였지만요.